シークエンシング用ソフト EPI2ME

データ分析リアルタイム

製品概要
Oxford Nanoporeは、EPI2MEのプリコンフィグuredワークフローとMinKNOWの実行環境を組み合わせたナノポアシーケンシングデータ解析用のソフトウェアとツールを提供します。ソリューションはリアルタイム解析をサポートし、ラップトップ、ワークステーション、クラスター、クラウド環境、およびOxford Nanoporeデバイス上での展開に対応し、研究および臨床検査室の要件に応えます。

EPI2MEによるプリコンフィグured解析ワークフロー

• 直感的なデスクトップアプリまたはコマンドラインインターフェースで利用可能
• 複数のシーケンシング用途向けにプリコンフィグuredワークフローを提供
• ラップトップ、クラスター、クラウド、またはONTデバイス上で解析を実行可能
• リアルタイムワークフローによりシーケンシング中に結果を取得
• EPI2MEアプリを通じてカスタムワークフローを作成・共有可能

研究者向け

• 日常的なデータ確認に適したユーザー指向のインターフェース
• 結果の迅速な解釈を支援する構造化レポート
• 多くのワークフローは専門的なバイオインフォマティクス知識を必要としない
• サンプルから結果までデータの所有権を保持

バイオインフォマティシャン向け

• Oxford NanoporeのGitHubリポジトリ経由でbasecallerや解析ツールにアクセス可能
• GitHubでEPI2MEワークフロー定義を入手するか独自コードを統合可能
• コマンドライン対応により高度な自動化や統合を実現

MinKNOW

• Oxford Nanoporeデバイスのオペレーティングソフトウェア
• 生データの取得とbasecallingを管理
• 該当する場合はメチル化検出を統合
• adaptive samplingによるin silicoターゲットシーケンシングをサポート
• 上流・下流のツールと接続するためのAPIを提供

データセットと互換ソリューション

• 手法開発とベンチマークの支援のためにオープンデータセットを提供
• Oxford Nanoporeは、エンドツーエンドの解釈ソリューションを提供するために第三者解析パートナーと連携
• ユーザーの導入支援のためにオンライン研修やマスタークラスを提供

技術仕様

• EPI2ME：プリコンフィグured、リアルタイムワークフロー；デスクトップアプリとコマンドラインインターフェース
• 展開：ラップトップ、ワークステーション、クラスター、クラウド、ONTデバイスをサポート
• リアルタイム解析：シーケンシング中の中間結果および最終結果へのアクセス
• カスタマイズ：EPI2MEを通じたカスタムワークフローの作成、エクスポート、共有
• MinKNOW：データ取得、basecalling、メチル化検出、adaptive sampling、統合用MinKNOW API
• ツールとbasecaller：高度なユーザー向けにOxford Nanoporeリポジトリで管理・提供
• 対象：ラボの研究者（多くのワークフローは専門的なバイオインフォマティクスを不要）およびバイオインフォマティシャン（コマンドラインと統合サポート）