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Dado o elevado número de aplicações dos microscópios, os critérios de escolha variam muito em função do uso previsto. Porém, de um modo geral, a escolha de um microscópio irá basear-se em cinco características principais: a ampliação, a técnica de observação, a configuração, o número de oculares e o tipo de iluminação.
Ampliação total: é o resultado do aumento da objetiva multiplicado pelo aumento da ocular.
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