Software para sequenciamento EPI2ME

de análise de dadosem tempo real

Visão geral do produto
A Oxford Nanopore fornece software e ferramentas para análise de dados de sequenciamento nanopore, combinando os fluxos pré-configurados do EPI2ME com o ambiente operacional MinKNOW. As soluções suportam análises em tempo real e implantação em laptops, estações de trabalho, clusters, ambientes em nuvem e dispositivos Oxford Nanopore, atendendo a necessidades de laboratórios de pesquisa e clínicos.

Fluxos de análise pré-configurados com EPI2ME

• Acessível através de aplicação desktop intuitiva ou interface de linha de comando
• Fluxos pré-configurados disponíveis para várias aplicações de sequenciamento
• Implantar e executar análises em laptop, cluster, cloud ou dispositivos ONT
• Obter resultados durante o sequenciamento com fluxos em tempo real
• Criar e partilhar fluxos personalizados através da aplicação EPI2ME

Para cientistas

• Interfaces orientadas ao utilizador para inspeção rotineira de dados
• Relatórios estruturados para rápida interpretação dos resultados
• Muitos fluxos funcionam sem necessidade de conhecimentos avançados de bioinformática
• Propriedade dos dados mantida da amostra ao resultado

Para bioinformáticos

• Acesso a basecallers e ferramentas através dos repositórios GitHub da Oxford Nanopore
• Obter definições de fluxos EPI2ME no GitHub ou integrar código personalizado
• Suporte por linha de comando para integrações avançadas e automatizadas

MinKNOW

• Software operativo para dispositivos de sequenciamento Oxford Nanopore
• Gere aquisição de dados brutos e basecalling
• Inclui deteção integrada de metilação quando aplicável
• Suporta sequenciamento direcionado in silico mediante adaptive sampling
• Fornece uma API para ligação a ferramentas a montante e a jusante

Conjuntos de dados e soluções compatíveis

• Conjuntos de dados abertos disponibilizados para apoiar o desenvolvimento de métodos e benchmarking
• Oxford Nanopore colabora com parceiros de análise terciária para soluções de interpretação de ponta a ponta
• Formação online e masterclasses disponíveis para apoiar a adoção

Especificações técnicas

• EPI2ME: fluxos pré-configurados em tempo real; aplicação desktop e interfaces de linha de comando
• Implantação: compatível com laptop, estação de trabalho, cluster, cloud e dispositivos ONT
• Análise em tempo real: acesso a resultados intermédios e finais durante o sequenciamento
• Personalização: criar, exportar e partilhar fluxos personalizados via EPI2ME
• MinKNOW: aquisição de dados, basecalling, deteção de metilação, adaptive sampling, API MinKNOW para integrações
• Ferramentas e basecallers: mantidos e acessíveis via repositórios Oxford Nanopore para utilizadores avançados
• Públicos-alvo: cientistas de laboratório (muitos fluxos sem necessidade de bioinformática) e bioinformáticos (suporte de linha de comando e integração)