Software para biologia molecular virSEAK

de criação de laudosde importaçãoNGS

virSEAK (RUO - utilização apenas para investigação) oferece uma comparação rápida e conveniente da sua sequência SARS-CoV-2 com as sequências disponíveis. Após uma configuração personalizada com o seu kit, basta carregar dados fastq- ou fasta e obter uma sequência alinhada com as variantes. Além disso, a sua sequência será atribuída a uma linhagem de pangolins (por exemplo B.1.1.7) e a uma clade GISAID (por exemplo L). virSEAK também verifica automaticamente se a sua sequência contém as variantes da proteína spike N501Y e ou E484K. São mostrados valores de Cobertura e Qualidade, incluindo: cobertura requerida, absoluta, média e mediana, % de bases "tipo selvagem" e "N". Um indicador de qualidade mostra se a qualidade satisfaz os limiares de qualidade definidos. Além disso, a ferramenta é optimizada para a sequenciação NGS de alto rendimento com funções automatizadas de importação e exportação e transferência de sequência personalizável. Criar facilmente ficheiros multi-fasta para melhorar a apresentação de relatórios a um gabinete central de relatórios para vigilância da situação epidemiológica e propagação de mutações (por exemplo, para a Alemanha, o Robert Koch Institut). virSEAK - versão instalável: importação fácil de ficheiros em bruto de sequência rápidaq ou fasta pré-processada sequenciação NGS de alto rendimento com importação e exportação automática de lotes alerta automático se a(s) mutação(ões) N501Y e/ou E484K estiver(em) contida(s) obter uma atribuição a uma linhagem Pangolin e a um clade GISAID verificar outras variantes com frequências comparar subtipos, contagens e localizações dos resultados, ... sequência e variantes de exportação (com meta-informação, em formato fasta e/ou csv) os resultados são armazenados sequenciação de alto rendimento totalmente automatizada com transferência de sequência personalizável