Software de análise de dados TCGA Premier

clínicopara sequenciamentopara oncologia

CNVs curados, Variantes de Sequência, Acesso Simplificado. O Atlas do Genoma do Câncer (TCGA) é um recurso incrível, crescendo para conter perfis genômicos de cerca de 12.000 tumores em mais de trinta tipos de câncer. Ao reanalisar os dados e curar manualmente os resultados de cada amostra por cientistas treinados, a base de dados do TCGA Premier tem a informação do número de cópias de maior fidelidade a partir deste rico recurso. Características e Benefícios Curadoria por Especialistas Começando com os dados brutos disponíveis através de acesso especial, fizemos o emparelhamento dos tumores com os seus correspondentes normais para remover os polimorfismos da linha germinal. Em seguida, cientistas especialistas revisam os perfis genômicos de cada amostra, corrigem para ploidia de linha de base e segmentação e chamam manualmente segmentos homozigotos neutros em relação à cópia (LOH) e eventos no limite do mosaico. Variantes de Sequência Integradas As variantes de sequência obtidas pelo sequenciamento de todo um excêntrico são integradas com os CNVs, fornecendo um quadro genômico mais abrangente. Conjunto de dados totalmente anotados O conjunto de dados é totalmente anotado com comentários de revisores para amostras específicas, chamando configurações de parâmetros que foram utilizadas, outras informações específicas da amostra juntamente com anotações clínicas detalhadas, tais como sobrevida, grau do tumor, etc., que promovem análises adicionais. Porquê o TCGA Premier? Útil para uma maior variedade de estudos O processamento de amostras GISTIC produziu resultados adequados para perfis populacionais, mas deixou amostras individuais demasiado segmentadas e muitas com ploidia incorrecta. Ao corrigi-los e integrar variantes de sequência, permitimos que o conjunto de dados se tornasse mais útil para estudos como a análise de sobrevivência ou o perfil de subtipos tumorais.