分析LIS RiboPrinter® System

データ管理研究所用

当社では、菌株のタイピングサービスに加えて、分離された微生物の細菌学的特性を調べるための自動リボタイピングを行っています。このフラグメントベースの技術は、制限酵素を用いてリボソームRNA遺伝子の領域（5S、16S、23SおよびGlu-tRNAを含むスペーサー領域）を標的として切断し、菌株レベルで生物に固有のDNAフィンガープリントを生成するものです。 Ribotypingシステムでは、RiboPrint®パターンが一定の類似性の範囲内にあるサンプルをグループ化します。これらのパターンは、事前または事後に生成することができ、環境モニタリング（EM）プログラムにおける追跡・傾向分析の一環として、分離株間の類似性のレベルを決定するために使用することができる。当社のチームは、リボプリンティングのためにサンプルを提出するお客様ごとにカスタムライブラリを構築し、管理しています。お客様が新しいサンプルを提出するたびに、そのサンプルはカスタムライブラリ内の過去のすべてのサンプルと比較され、RiboGroupに割り当てられます。 場合によっては、RiboPrinter®で分析されるリボソームRNAオペロン内の多様性がほとんどない種もあるため、自動リボタイピングは配列ベースのストレインタイピングよりも効果が低いことがあります。このような場合には、配列ベースの菌株判定法（SLSTおよびMLST）を用いることで、自動リボプリンティングよりもはるかに高いレベルの識別性と再現性が得られるため、強く検討する必要があります。