SMARTer Target RNA Capture for Illuminaは、濃縮されたtotal RNAからcDNAを生成するように設計された完全なシステムです。ターゲット RNA-seq は、全トランスクリプトーム増幅 (WTA) RNA-seq 実験に内在するいくつかの課題を克服することができ、低量に存在する可能性のある関心のある転写物の検出の配列カバレッジと感度を向上させることができます。ターゲット化されたRNA-seqアプローチは、コストを節約し、解析を単純化するという点でも有利である。cDNA合成に先立って関心のある転写物を濃縮することで、キメラ遺伝子融合、転写物アイソフォーム、スプライスバリアントなど、そうでなければ見逃したり、検出するためにはるかに多くのシークエンスリードを必要とする転写物に関する情報を捕捉することが可能になります。感度を向上させることで、S/N比の低下に見られるように、解析力も向上します。
SMARTer Target RNA Capture for Illuminaのワークフローでは、トータルRNAをユーザー設計のビオチン化DNAプローブと4時間以内にハイブリダイズした後、キャプチャービーズ(ストレプトアビジンでコーティングされた磁性粒子)でキャプチャーする前に精製します。キャプチャビーズは、タンパク質および核酸の特に低い吸着を示すために選択されており、PCRや逆転写などの下流の反応を妨害しないため、ビーズに付着したままで標的サンプルのcDNA合成を実行することが可能になります。キャプチャビーズは、SMARTer Target RNA Capture for Illuminaキットの一部として提供されており、別売りもされています(Cat. # 635039)。
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