KAPA HyperPETE ワークフローは、プライマー伸長反応を利用して、シーケンシングの対象となるライブラリ分子を特異的に捕捉・放出するように設計された、革新的なハイブリッドキャプチャ技術です。
KAPA HyperPETE カタログパネルには、汎がん変異(MSIモジュール付き)、腫瘍学のホットスポット、遺伝性腫瘍、肺がん融合変異、および新生児スクリーニング向けの、すぐに利用可能な固定設計パネルが含まれています。これらの固定設計パネルは、10年以上にわたるプローブ設計の経験を活かして開発されています。
メリットの概要
検出が困難なサンプル種から重要なゲノム情報を解明するために開発されました
組織RNA(FFPET)
幅広いFFPET RNA投入量において、高特異性の濃縮を実現します(図1)
参照細胞株サンプルに含まれるすべての融合変異を検出します (表1)
血漿cfDNA
幅広いcfDNA投入量において、高いオンターゲットリード率と高いエクソンカバレッジ(1000X以上)を実現(図2)
幅広い血漿cfDNA投入量から、高い感度でバリアントを検出
KAPA HyperPETE LC フュージョンパネルを用いた FFPE RNA での性能。
KAPA HyperPETE 肺がんフュージョンパネルは、試験したすべての FFPE サンプルにおいて、10 ng および 50 ng の入力量から 92%~97% のオンターゲットリード率を達成しました。
さまざまな品質(低、中、高)の FFPE RNA を 10 ng または 50 ng として使用した場合でも、オンターゲットリードの割合が高かったことから、高い特異性が実証されました。 オンターゲット率は 92%~97%(ハウスキーピングおよび融合ターゲットを含む)であり、あらゆるサンプル投入量、品質、およびタイプにおいて良好な性能を示しました。オンターゲット率は、rRNA リードの除去(全リードの 0.8%~11%)後に算出されました。 性能評価には、2つの細胞株サンプル(各2回分)および14の正常隣接FFPETサンプルが使用されました。
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